Το ΕΛ.ΙΔ.Ε.Κ. διαθέτει ένα σχήμα διακυβέρνησης από κάτω προς τα πάνω. Τα όργανα διοίκησης του ΕΛ.ΙΔ.Ε.Κ. είναι η Γενική Συνέλευση, το Επιστημονικό Συμβούλιο, ο/η Διευθυντής/τρια και οι Αναπληρωτές/τριες Διευθυντές/τριες. Συμβουλευτικό ρόλο έχουν η Συμβουλευτική Επιτροπή και οι Θεματικές συμβουλευτικές Επιτροπές.
Στη Διοίκηση υπάγονται: η Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών και Ερευνητικών Έργων (της οποίας προΐσταται ο Διοικητικός Διευθυντής), το Αυτοτελές Τμήμα Οικονομικών Υπηρεσιών, το Αυτοτελές Νομικό Γραφείο, ο/η Υπεύθυνος/η Προστασίας Δεδομένων (DPO) και το Γραφείο Εσωτερικού Ελέγχου.
Στον Διοικητικό Διευθυντή υπάγονται τα τμήματα: Διοικητικών Υπηρεσιών, Τεχνικής Υποστήριξης Εγκαταστάσεων, Εξοπλισμού και Πληροφοριακών Συστημάτων και Ερευνητικών Έργων.
Διευθύντρια- Αυτοτελές Νομικό Γραφείο
- DPO
- Διοικητικός/ή
Διεθυντής/ντρια- Τμήμα Τεχνικής Υποστήριξης,
Εγκαταστάσεων & Εξοπλισμού - Τμήμα Ερευνιτικών
Έργων - Τμήμα Διοικητικών
Υπηρεσιών
- Αυτοτελές Τμήμα
Οικονομικών Υπηρεσιών
Επικοινωνία